분자학의 어둠에서 발하는 빛

by Julia Nepper

빛나는 것은 멋집니다. 나는 따뜻한 여름날 저녁에 돌아다니는 반딧불이를 볼 때마다 여전히 설렙니다. 발광 생물체는 인기 아이돌이 주는 즐거움보다 나에게 훨씬 더 많은 것을 가져다줍니다. 과학자들에게 발광 생물체는 분자학의 복잡하고 막막한 면을 밝혀주는 생물학적 등불과도 같습니다.

궁극적으로, 세포와 분자학적 수준에서 일어나는 일들을 연구하는 데에 있어서 발광 생물체가 상당히 유용한 도구라는 것입니다. 나는 이를 깨우치는 과정에서 내가 배운 놀라운 사실과 스토리들에 대해서 지금부터 이야기하고자 합니다

생물학자, 역사학자, 그리고 지식을 추구하는 대중들을 위하여

Bioluminescence는 박테리아에서부터 개똥벌레 그리고 심해 속 물고기에 이르기까지 생물체 속에서 최소 40회 이상의 독립적인 진화를 거듭해 왔습니다(1). 사실, 나는 심해에 서식하는 생물체의 50% 이상이 발광한다는 것을 발견하였습니다. 

인류는 오랜 기간 동안 bioluminescence에 대해서 인지해 왔습니다. ‘빛나는 나무’에 대한 초기에 기록된 언급 중 일부는 Aristotle와 Pliny the Elder에게서 나왔습니다. Pliny는 겁을 먹으면 인광성의 액체를 한 줄기 내뿜는 조개에 대해서도 기록한 바 있습니다. 이 기록들에 의하면, 로마인들은 파티에서 이 조개를 먹고 나면 입에서 한동안 빛을 내뿜는다는 것을 알게 되었고 ‘어둠 속에서 반짝이는 파티’라는 패션 트렌드를 이끌어 냈다고 합니다.

어떻게 유기체들이 빛을 내는지 사람들이 이해하고자 기록해 둔 것을 찾아 나서기 시작한 것은 17세기 이후가 되어서였습니다. 아일랜드의 화학자이자, 물리학자이자, 자연 철학자였던 Robert Boyle은, 빛이 나는 썩은 나무 조각을 발견하여 ‘반짝이는 나무’라고 불렀습니다. 그는 그 나무 토막이 빛을 계속 내려면 산소가 필요한지 여부가 궁금했습니다. 밀봉한 통 안에 그 나무 토막을 넣고 공기를 제거한 후에, ‘나무 토막이 전혀 어떠한 빛도 내지 않음’을 알게 되었습니다(2). 발광하기 위해 산소가 필요하다는 그의 결론은 bioluminescence의 본질에 대한 최초의 문서화된 보고서입니다. 지금 우리는 썩어가는 나무에서 자라는 박테리아 혹은 곰팡이로부터 발광이 발생한다는 것을 알고 있지만, bioluminescence를 위해 산소가 필요하다는 Boyle의 관찰은 350년 이상이 지난 지금도 여전히 유효합니다. 

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Panellus stipticus는 아시아, 호주, 유럽 및 북아메리카에서 발견되는 발광 곰팡이 중 하나이다. 사진 출처: Ylem [공용 도메인], Wikimedia Common에서 발췌

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하와이 짧은 꼬리 오징어(Hawaiian bobtail squid)는 bioluminescence 박테리아인 Allivibrio fischeri 와 공생 관계이다. 사진 출처: William Omerod, Margaret McFall-Ngai 로부터 무료 제공

1940년대에, 존스 홉킨스 대학의 호기심 많은 젊은 생화학자인 William McElroy 교수는 bioluminescence의 분자학적 기전에 대한 질문을 던지기 시작했습니다. 당시는 코넬 대학에서 근무하던 독일 생화학자인 Fritz Lipmann이 ATP가 살아 있는 세포의 기본적인 에너지 운반체라는 사실을 막 발견한 시점입니다. McElroy는 빛을 만들기 위해서는 에너지가 필요하다는 것을 알고 있었고, Lipmann의 업적을 본 후에, ATP가 빛을 만드는 에너지일 수도 있다는 것이 타당해 보인다고 생각했습니다. 반딧불이 추출액에 ATP를 추가하여 발광을 확인할 수 있었습니다. McElroy는 수십 년 동안 반딧불이의 발광 기전에 대해서 연구를 지속하였고, 심지어 그의 연구를 위해 어린이들이 반딧불이를 잡아다주는 대가로 100마리당 25센트를 아이들에게 지불하기도 하였습니다. 

McElroy와 그의 아내이자 동료인 생화학자 Marlene Aderegg DeLuca의 선구자적인 업적은 후대의 젊은 과학자들에게 영감을 주었고 Keith Wood는 그들 중 한 사람입니다. 


“나는 가장 멋진 일은 생명의 구성요소들을 활용하여 새로운 분자들을 가공하는 일이라고 생각했다’”


Luciferase에 대해

Keith는 40년 동안 luciferase에 대해 연구한 사실에서 오는 자신감으로 가득한 연구자입니다. 그에게 왜 bioluminescence에 대해서 처음 연구하기 시작하였는지 물었을 때, 그는 ”내가 10대였을 때부터, 나는 가장 멋진 일은 생명의 구성 요소들을 활용하여 새로운 분자들을 엔지니어링하는 일이라고 생각했다.”라고 대답했습니다.

Keith는 ‘자연의 레고 조각들’이 어떻게 작동하는지를 이해하고 싶었습니다. Keith는 대학원에 진학하여 생명의 구성 요소라고 할 수 있는 단백질, DNA, RNA 등에 대해서 배웠습니다. 표적의 변화를 만들어 낼 수 있는 새로운 기술들인 단백질을 발현하는 유전자, site-directed 돌연변이 등이 막 개발되었고, 그는 단백질의 구조 변화가 어떻게 단백질의 기능적 변화로 이어지는지를 보여주기 위한 도구로서 이 기술들을 사용하고 싶었습니다. 그래서 그는 DeLuca의 실험실에 들어가, 박사 학위동안 luciferase를 연구하게 되었습니다. Luciferase는 측정하기가 쉽기 때문에 효소가 어떻게 작용하는지를 연구하기에 정말 훌륭한 도구입니다; 샘플을 luminometer에 넣기만 하면 얼마나 많은 양의 빛이 생성되었는지 측정할 수 있습니다. (Relative Light Units, RLU). 

Luciferase 관련한 그의 전문 지식은 80년대 후반에 그를 프로메가로 데려온 이유입니다. 당시는 분자생물학에서는 방사성 동위원소를 사용하던 시기였습니다. 방사성 동위원소 표지자 기술은 매우 유용하였지만, 방사능과 방사능 폐기물을 다루어야만 한다는 명백한 단점이 있었습니다. 프로메가의 설립자이자 CEO인 Bill Linton은 라벨링을 위한 방사성 동위원소를 대체할 기술이 필요성을 인식했습니다. 그는 아직 이러한 기술이 무엇인지 몰랐지만 대체 기술을 찾기 위해 계속해서 새로운 기술들을 찾아다니고 있었습니다. 어느 날, Science 논문에 실린 빛나는 담뱃잎 사진이 – 그것은 luciferase로 인해 빛나는 형질전환 식물에 대한 최초 보고 – 그의 눈을 사로잡았습니다. Keith는 그 논문의 공동 저자였기 때문에 Bill은 프로메가에서 강연을 하도록 그를 초청하였습니다. 나중에 Keith는 프로메가에 합류하여 30년 이상 연구자들을 위한 새롭고 획기적인 tool을 개발하였습니다. 

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반딧불이 luciferase 유전자를 가지고 있는 최초의 형질전환 담뱃잎. Reproduced with permission from Ow, D.W. et al (1986), Science 234, 856-9.


“형광으로 가득한 세상에서, 우리가 왜 굳이 더 이것에 대해 관심을 가져야 합니까?”


생체의학적 호기심 충족을 위해

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Luciferase는 GFP (Green Fluorescent Protein)와 같은 다른 reporter들과 정말 다른 것일까요?  이 질문에 답을 하기 위해, 우리는 발광 기전이 어떻게 다른지에 대해 더 깊게 들여다볼 필요가 있습니다. 

발광은 광자(光子, 빛)의 방출 과정입니다. 전자가 여기 상태에서 기저 상태로 전환될 때 조건이 적절하면 광자가 방출됩니다. 발광 과정은 전자가 여기 되는 방식에 따라 몇 가지 경우로 분류됩니다. 

발광(luminescence)은 크게 photoluminescence와 chemiluminescence의 두 가지 종류가 있습니다. 형광과 같은 photoluminescence의 경우에는, 전자는 빛을 흡수함으로써 여기 상태에 도달합니다. 반면에, bioluminescence와 같은 chemiluminescence 경우에는, 화학적 반응에 의해 발생한 에너지를 사용하여 전자들이 여기 상태에 도달합니다. 이러한 차이는 광자 방출을 측정하는 방법에 큰 차이를 만듭니다. 이것은 실험하는 과학자들에게는 매우 중요한 부분입니다.

형광은 빛을 내기 위해 먼저 빛을 흡수해야 하기 때문에 입력된 빛과 출력된 빛을 구별하는 방법이 반드시 필요합니다. 따라서, 우리는 측정하고자 하는 파장의 빛만 측정하기 위해 생성된 빛의 특정 파장만 통과할 수 있는 필터를 사용합니다. 하지만 안타깝게도, 완벽한 필터는 없기 때문에 excitation 빛의 일부가 필터를 통과하여 백그라운드 노이즈로 측정됩니다. 

Chemiluminescence는 어떤 외부의 빛도 필요하지 않기 때문에 측정되는 모든 빛은 발광 과정에서 생성된 것입니다. 이것은 백그라운드 노이즈가 생성되지 않는다는 것을 의미합니다. 결과적으로, 생성된 빛과 측정된 빛 간에는 강한 선형 상관 관계를 가지고 있으며, 이는 형광으로 측정하는 것보다 휠씬 더 넓은 측정 범위를 보여줍니다. (형광 3-4 orders & 발광 7-8 orders)

또한 발광은 매우 민감합니다. “사람 눈이 적응만 한다면 아주 미미한 빛이라도 볼 수 있습니다. 만약 사람이 볼 수 있는 가장 작은 양의 빛을 본다면, luminometer는 그보다 10,000-100,000배 더 작은 양의 빛을 측정할 수 있으며, 사람이 볼 수 있는 가장 작은 빛의 양은 기기가 측정하기에는 너무 많은 빛이 될 수 있습니다.”

과학자로서 우리의 목표는 가능한 한 “자연 그대로의” 조건에 가깝게 접근하기 위해 우리가 연구하는 생물학적 체계를 가능한 적게 교란시키는 것입니다. Bioluminescence의 높은 민감도를 통해, 우리는 살아있는 세포에서 일어나는 생물학적인 과정을 정확하게 측정할 수 있습니다. 우리가 확인할 수 있도록 세포가 단백질을 과발현하도록 만들 필요가 없습니다. 또한 이러한 민감도는 작은 양의 샘플에서도 유용한 데이터를 얻을 수 있다는 것을 의미하므로, 수만 혹은 수십만 개의 샘플을 훨씬 쉽게 스크리닝 할 수 있습니다. 이러한 점에서 luciferase는 빠르게 정량적인 결과 측정이 가능합니다

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뉴저지의 한 해변에서 부서지는 파도를 따라 빛을 내는 와편모류(dinoflagellates). 사진 출처: catalano82, Wikimedia Commons 


“우리는 자연에서 생물학을 빌려 왔고, 세포 본연의 생물학적 측면을 이해하기 위해서 그것을 이용하고 있다.”


인류를 위해

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심해 새우인 Oplophorus gracilirostris는 포식자의 공격을 피하기 위한 bioluminescence 침을 경보기로 사용한다.

우리가 처음 bioluminescence를 연구하기 시작했을 때는, 발광 기전 자체, 즉 luciferase의 생물학적 기전을 이해하는 것이었습니다. 발광 반응은 이후 세포의 상태 확인에서 유전자 발현으로 인해 생기는 효소 활성에 이르기까지 다양한 세포생물학을 측정할 수 있도록 발전하였습니다. 이제는 유전자 조작을 위한 새로운 기술들이 발견되고 bioluminescence에 대한 이해가 높아지고 더 나은 luciferase를 발견 (혹은 개발) 됨에 따라, 우리는 bioluminescence를 다른 생물체에서 여러 생물학적 측면을 탐구하는 tool로 사용하고 있습니다. 

Bioluminescence 기술을 사용하여 수행된 일부 과학 영역에 대한 이해를 위해, bioluminescence reporter 기반의 제품의 담당자인 Amy Landreman과 이야기를 나누었습니다. 그녀는 luciferase reporter로 사용된 첫 연구에서 반딧불이 혹은 바다 팬지 (학명 Renilla reniformis) luciferase 사용했다고 합니다. 자연에서의 bioluminescence에 대한 우리의 지식이 확장됨에 따라, 우리는 더 밝고 (더 쉽게 관찰할 수 있도록) 더 작은 (생물학적 시스템에 덜 방해가 되도록) luciferase를 발견하게 되었습니다. 심해 새우 (Oplophorus gracilirostris) luciferase의 유도진화(directed evolution)는 2012년 NanoLuc® 라는 luciferase 출시로 이어졌으며, 이는 신약 개발에서 신경 퇴행성 질환 연구에 이르기까지 다양한 연구에서 사용되고 있습니다. 

예를 들어, 위스콘신-매디슨 대학교의 연구자들은 NanoLuc® luciferase를 사용하여 발광하는 인플루엔자 바이러스를 만들었으며, 이를 사용하여 살아있는 생쥐의 인플루엔자 감염 진행 상황을 추적할 수 있었습니다(3). 그리고 올해 과학자들은 만성 감염에서 암에 이르는 조건에서 중요한 역할을 하는 면역계의 핵심 요소인 자연살해세포 (natural killer cell, NK cell)를 표적으로 하는 신약을 개발하기 위해 bioluminescence를 사용했습니다(4). 또 다른 과학자들은 luciferase를 사용하여 근위축성 축삭경화증 (ALS)에 관련된 단백질-단백질 상호작용(protein:protein interaction, PPI) 연구에 활용하였습니다(5). 

NanoLuc®의 밝기와 작은 크기는 정상 세포에 미치는 영향을 최소화하는 방식으로 bioluminescence를 이용할 수 있는 가능성을 제공해 주었습니다. 세포는 NanoLuc®이 정상 유전자의 일부인 것처럼 발현하도록 엔지니어링 될 수 있으며, NanoLuc®은 살아있는 세포에서 모니터링되어 시간에 따라 생물학적 변화를 추적할 수 있습니다. “우리는 자연에서 생물학을 빌려 왔고, 세포 본연의 생물학적 현상을 이해하는데 이것을 이용하고 있다. 프로메가는 유도진화(directed evaluation)와 같은 그 중간 공간에서 분자학의 어둠에 빛을 비추어 주는 새로운 도구를 개발하는 핵심적인 역할을 하고 있다.”라고 Amy는 설명했습니다.

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References

  1. Haddock, S.H., et al. (2010) Bioluminescence in the sea. Ann. Rev. Mar. Sci. 2, 443–93. [PubMed]
  2. Boyle, R. (1666) New Experiments Concerning the Relation between Light and Air (in Shining Wood and Fish). Philos. Trans. 2, 581–600.
  3. Tran, V. et al. (2013) Highly sensitive real-time in vivo imaging of an influenza reporter virus reveals dynamics of replication and spread. J. Virol. 87, 13321–9. [PubMed]
  4. Hayek, S. et al. (2019) Identification of primary natural killer cell modulators by chemical library screening with a luciferase-based functional assay. SLAS Discov. 24, 25–37. [PubMed]
  5. Oh-Hashi, K., et al. (2016) SOD1 dimerization monitoring using a novel split NanoLuc, NanoBit. Cell Biochem. Funct. 34, 497–504. [PubMed]
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